主要在补偿款的分配上。因为集体土地，所有权是集体所有，所以征地补偿款中有土地补偿费是补偿给集体，而地上附着物和青苗补偿则是赔给其实际所有者。而对于国有土地上房屋的征收一般就是货币补偿或者产权调换。
根据我国《土地管理法实施条例》第二十六条 土地补偿费归农村集体经济组织所有；地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。
征收土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体经济组织管理和使用；由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位；不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或者征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的保险费用。
根据我国《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条 作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
第二十一条 被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。
第二十三条 对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。
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