小产权房不具备普通商品房的法律性质，在购买过程中出现合同纠纷难以得到等同保护;开发建设过程中缺少监管，其质量问题出现的概率要高过商品房;而因为无法办理合法的产权手续，购买后也不能合法转让过户，对房产价值影响很大;若遇国家拆迁，很难得到相应的拆迁补偿。即使有也比有房产证的房子补偿少。
小产权房屋的补偿标准和方式应当由当地的拆迁部门公告为准。而有营业执照的门面房，个体户等经营用房应当按照商业用房性质补偿。
附录相关：
1、小产权房的性质是属于履行了审批手续的房屋，但是集体经济组织在安置本集体民过程中擅自扩大了销售对象。由于根据现行法律和政策，非本集体经济组织的成员，不得购买在集体所有的土地上建设的房屋，因此买卖合同归于无效。在此情况下，应首先认定所涉房屋的所有权是属于农村集体经济组织所有，或者属于宅基地使用人所有，拆迁安置补偿的利益，只能由所有权人即集体经济组织及其成员享有。
2、小产权房是属于违法建筑。对于这种情况，根据《城市房屋拆迁管理条例》第22条第2款“拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿”的规定。
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