《最高人民法院关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》第十二条第二款规定，征收农村集体土地时未就被征收土地上的房屋及其他不动产进行安置补偿，补偿安置时房屋所在地已纳入城市规划区，土地权利人请求参照执行国有土地上房屋征收补偿标准的，人民法院一般应予支持，但应当扣除已经取得的土地补偿费。
这个规定的意思是说：对于被纳入城市规划区的农村房屋，比如城中村、棚改这一类的房屋，应该按照周边城市房屋的市场价格来进行补偿的。也就是这部分集体土地按照国有土地价值补偿。
最高人民法院这样规定显然是合理的，其目的在于避免同一块地域内原来属于集体土地上房屋征收补偿标准低于国有土地上房屋征收补偿标准，充分保障原集体土地上房屋权利人的合法权益，这样才更加公平，也可以减少不必要的纠纷。我们知道，国有土地和集体土地，在法律上性质是不一样的，因此，对集体土地上房屋进行征收时，其补偿当然没办法直接适用《国有土地上房屋征收与补偿条例》。但是根据现实状况，即房屋所在的土地已经城市化，如果按照农村集体土地来进行补偿，就无法保障农民的权益。因此，最高人民法院就规定，对于农村集体土地上的房屋在补偿时已经纳入城市规划区的，可以参照《国有土地上房屋征收与补偿条例
》的补偿标准给予被征收人补偿。
同时，需要注意的一点是，参照并不等于完全适用，这是因为两者还是有所差别的。征收国有土地上的房屋时，征收补偿款是包括土地本身的地价在内的。因此，如果征收农民集体土地时已经对土地进行了补偿，那么按照国有土地上房屋征收补偿标准对其补偿时，应当扣除已经取得的土地补偿费。
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