根据国家法律规定可知，对于国有土地上的房屋拆迁补偿适用的法律依据是现有的《城市房屋拆迁管理条例》，对于补偿的标准是根据市场价对房屋进行评估。而对于集体土地上的房屋拆迁补偿适用的法律依据是《土地管理法》，是依据征收法律来制定的补偿标准，有的地方是县或者市制定的一个集体土地上房屋的补偿标准，甚至是2000年以前制定的，例如安徽阜阳市人民政府2000年制定的《阜阳市非农业建设征地拆迁实施办法》，直到现在阜阳市的房屋拆迁补偿仍以此为补偿标准。由于最近几年来，房地产市场价格的突飞猛进，一年一个价格的变化，早年的房屋价格至今早应不该适用。如果按照2000年左右的市场房屋重置价进行补偿，再结合当今周圈国有土地高高在上的市场价格，差额低则十多倍，高则相差三四十倍。这其中的矛盾可想而知。
有的地方是先征地，没有在征地的同时给予房屋拆迁补偿，等过了1年或者几年后再给予拆迁补偿，类似这样的情况应该适用城市房屋拆迁补偿标准。2005年10月12日，最高人民法院行政审判庭就此问题作出了《关于农村集体土地征用后地上房屋拆迁补偿有关问题的答复》的司法解释，明确指出了行政机关征用农村集体土地之后，被征用土地上的原农村居民对房屋仍享有所有权，房屋所在地已被纳入城市规划区的，应当参照《城市房屋拆迁管理条例》及有关规定，对房屋所有权人予以补偿安置。在没有明确的法律规定的情况下，最高人民法院的司法解释，就是应该予以适用的。
2010年5月25日，国务院下发了《国务院办公厅关于进一步严格征地拆迁管理工作切实维护群众合法权益的紧急通知》，对于尚未按照有关规定公布实施新的征地朴偿标准的省、自治区、直辖市，必须于20lO年6月底前公布实施，那么在对于集体土地上的房屋拆迁补偿标准上，将会依据新的征地朴偿标准来实施，这大大的提高了集体土地上的房屋拆迁补偿补偿标准。
另外对于征地涉及拆迁农民住房的，必须先安置后拆迁，妥善解决好被征地农户的居住问题，切实做到被征地拆迁农民原有生活水平不降低，长远生计有保障。这表明，在以后的集体土地上的房屋拆迁补偿将进一步的保护了老百姓的合法权益。
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