城市房屋拆迁，应按照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定进行补偿。其中，对于证件不齐全的，不是一律不补偿，也不能像问题中所说全部按照集体土地补偿，而应该分情况对待：
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条规定：市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
由该法律规定可知，无证房是否能够获得补偿必须要经过相关部门的认定：认定为合法建筑的，应当给予补偿；认定为违法建筑的，不给予补偿。
也就是说：无证房屋就算被认定为违章建筑也需要补偿。经相关部门调查认定为违法建筑的违法部分不予补偿。对于合法部分，应当给予等价的补偿。本该属于我们的土地和建筑材料我们仍有寻求补偿的权利。
主要表现为：
1、无证房可以获得全额补偿的情况
历史存留的房屋。法律上有法不溯及以往原则，这是我国法律制度基本原则之一，也可扩充至行政时效原则。一些建筑形成于70年代，或是更早至五六十年代，在当时很少的手续就可建成，如果用现在法律要求分析可以归为违章建筑，这显然不行，所以，必须结合建筑物形成时法律规定确定合法与非法。
2、农村的房屋和城市中的农建房。最开始农村建房管理较松，对产权这方面也没有管理到位，因此农村有很多无证房。无证房屋不等于违章建筑，只要是依法建造的房屋，即使没有产权证明，在拆迁的时候依旧可以拿到全额补偿。
3、无证房产拆迁补偿考虑因素
可以考虑建造的时间、当时的立法状况、当时执法机关是否存在不作为等因素综合制定无证房屋的征收补偿方案。
①严重违反城乡规划及土地管理法或明知已经发布征收公告或者即将被征收而恶意抢建的房屋可以不予补偿。但无论被征收人的房屋是否属于违建，对被征收人的土地使用权都应给予公平、合理的补偿。
②房屋建造的时候是合法的，但没有合法产权证明，是由于不可归咎于其自身的历史遗留问题造成的，且如果被拆迁人在上述房屋内已长期生活居住，应当得到合法补偿安置。
所以，总的说来，没有证件或证件不齐全的，全部按照集体土地性质补偿，是没有法律依据的，是违法的，被拆迁人可以提起复议、诉讼程序维权。
至于到底应按什么标准补偿，要看房屋土地到底是属于国有性质，还是属于集体性质。根据房屋属性不同已经规划情况的不同，补偿标准是不一样的。
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